Plöntu- og sjúkdómsvaldandi efni
Dr. Pat Brown við háskólann í Illinois (nú við UC Davis) útvegaði kortlagningarstofn dúrra samtakanna þekktur sem umbreytingarþýði sorghum (SCP).Henni hefur verið lýst áður og er safn fjölbreyttra lína sem breytt er í ljóstímabilsónæmi og minni vexti til að auðvelda vöxt og þroska plantnanna í bandarísku umhverfi.510 línur úr þessum þýði voru notaðar í þessari rannsókn þó vegna slæmrar spírunar og annarra gæðaeftirlitsvandamála hafi ekki allar línurnar verið notaðar við greiningu á öllum þremur eiginleikum.Að lokum voru gögn úr 345 línum notuð fyrir greiningu á kítínsvörun, 472 línur fyrir flg22 svörun og 456 fyrir TLS viðnám.B. cookeiStofn LSLP18 var fengin frá Dr. Burt Bluhm við háskólann í Arkansas.
MAMP svörunarmæling
Tvö mismunandi MAMP voru notuð í þessari rannsókn flg22, (Genscript catalog # RP19986), og kítín.Sorghum plöntur voru ræktaðar í innskotum sem settar voru á flatir fylltar með jarðvegi (33% Sunshine Redi-Earth Pro Growing Mix) í gróðurhúsinu.Plöntur voru vökvaðar daginn fyrir sýnatöku til að koma í veg fyrir aukinn raka laufblaða á tökudegi.
Línunum var slembiraðað og af skipulagslegum ástæðum var plantað í 60 línur.Fyrir hverja línu voru settir þrír „pottar“ með tveimur fræjum í hverri línu.Síðari lotur voru gróðursettar um leið og fyrri lotan hafði verið unnin þar til allur stofninn hafði verið metinn.Tvær tilraunakeyrslur voru gerðar fyrir báðar MAMPs með arfgerðum slembiraðað aftur í hvorri tveggja keyrslu.
ROS mælingar voru framkvæmdar eins og áður hefur verið lýst.Í stuttu máli, fyrir hverja línu, voru sex fræ sett í 3 mismunandi potta.Úr græðlingunum sem fengust voru þrír valdir á grundvelli einsleitni.Fræplöntur sem litu óvenjulegar út eða voru verulega hærri eða styttri en flestar voru ekki notaðar.Fjórir blaðskífur með 3 mm þvermál voru skornir úr breiðasta hluta 4. blaðs þriggja mismunandi 15 daga gamalla dorgplantna.Einn diskur á blað frá tveimur plöntum og tveir diskar frá einni plöntu, þar sem önnur diskurinn verður vatnsstýringin (sjá hér að neðan).Skífurnar voru hver fyrir sig settar á flot á 50 µl H20 í svartri 96-brunn plötu, innsiglaðar með álþéttingu til að forðast útsetningu fyrir ljósi og haldið við stofuhita yfir nótt.Næsta morgun var hvarflausn búin til með því að nota 2 mg/ml efnaljómandi rannsaka L-012 (Wako, vörulista nr. 120-04891), 2 mg/ml piparrótarperoxidasa (gerð VI-A, Sigma-Aldrich, vörulista nr. P6782), og 100 mg/ml kítín eða 2 μM af Flg22.50 µl af þessari hvarflausn var bætt við þrjá af fjórum holunum.Fjórða holan var sýndarstýring, sem hvarflausninni að undanskildum MAMP var bætt við.Fjórar auðar brunnar sem innihéldu aðeins vatn voru einnig innifaldar í hverri plötu.
Eftir að hvarflausninni var bætt við var birtustigið mæld með SynergyTM 2 fjölgreindum örplötulesara (BioTek) á 2 mínútna fresti í 1 klst.Plötulesarinn tekur birtumælingar á 2 mínútna fresti á þessari 1 klst.Summa allra 31 mælinga var reiknuð út til að gefa gildi fyrir hverja holu.Áætlað gildi fyrir MAMP-svörun fyrir hverja arfgerð var reiknað út sem (meðalljómunargildi tilraunaholanna þriggja — sýndarholugildi) - að frádregnum meðalgildi auðsholna.Gildi auðu holunnar voru stöðugt nálægt núlli.
Blaðdiskar afNicotiana benthamiana, ein lína með mikilli svörun (SC0003) og ein lína með lága svörun (PI 6069) voru einnig innifalin sem viðmið í hverri 96-brunnu plötu til gæðaeftirlits.
B. cookeisáðefnisgerð og sáning
B. cookeisáðefni var útbúið eins og áður hefur verið lýst.Í stuttu máli voru sorghum korn lögð í bleyti í vatni í þrjá daga, skoluð, skoluð í 1 lítra keilulaga flöskur og í autoclave í klukkutíma við 15psi og 121 °C.Kornin voru síðan sáð með u.þ.b. 5 ml af blönduðu sveppasýki úr nýrri ræktun afB. cookeiLSLP18 einangrast og látið standa í 2 vikur við stofuhita, hrista flöskurnar á 3 daga fresti.Eftir 2 vikur voru kornin sem sýkt voru af sveppum loftþurrkuð og síðan geymd við 4°C þar til akur sáð var.Sama sáðefnið var notað fyrir alla tilraunina og nýtt á hverju ári.Til sáningar voru 6-10 sýkt korn sett í hvolf 4-5 vikna gamalla dúrrunnar.Gróin sem mynduð voru úr þessum sveppum komu af stað sýkingu í ungu dúrrunni innan viku.
Fræundirbúningur
Fyrir gróðursetningu á akrinum var sorghum fræ meðhöndlað með sveppa-, skordýraeiturs- og varnarefnisblöndu sem innihélt ~ 1% Spirato 480 FS sveppalyf, 4% Sebring 480 FS sveppalyf, 3% Sorpro 940 ES frævarnarefni.Síðan voru fræin loftþurrkuð í 3 daga sem gaf þunnt lag af þessari blöndu utan um fræin.Öryggisefnið leyfði notkun illgresiseyðarins Dual Magnum sem meðferð fyrir uppkomu.
Mat á ónæmi fyrir blaðblettum
SCP var gróðursett í Central Crops Research Station í Clayton, NC 14.–15. júní 2017 og 20. júní 2018 í slembiraðaðri heildarblokkhönnun með tveimur tilraunaafritunum í hverju tilviki.Tilraunir voru gróðursettar í 1,8 m stakar raðir með 0,9 m raðabreidd með því að nota 10 fræ í hverri lóð.Tvær kantaraðir voru gróðursettar um jaðar hverrar tilraunar til að koma í veg fyrir brúnáhrif.Tilraunirnar voru sáð 20. júlí 2017 og 20. júlí 2018, en þá voru dorgplönturnar á vaxtarstigi 3. Einkunnir voru teknar á einn til níu kvarða, þar sem plöntur sem sýndu engin merki um sjúkdóm fengu einkunnina níu og algjörlega Dauðar plöntur voru skornar sem eitt.Tvær einkunnir voru teknar árið 2017 og fjórar mælingar árið 2018 sem byrja tveimur vikum eftir sáningu á hverju ári.sAUDPC (staðlað svæði undir sjúkdómsframvinduferli) var reiknað eins og áður hefur verið lýst.
Pósttími: Apr-01-2021